Il Museo è ospitato in alcuni locali del seicentesco Chiostro dell'ex Convento di San Francesco, dove sono stati recentemente restaurati gli affreschi del portico e quelli dell'ex refettorio, databili al XVII e XVIII secolo.

Nel corso dei lavori di riparazione dei danni causati dal sisma Umbria-Marche alla chiesa Maria Ss. Assunta in Monsampolo, un’esplorazione archeologica nella cripta effettuata nel 2003 ha portato all’individuazione di un sistema di fosse medievali.

Il Museo Laboratorio di archeologia è collocato in suggestivi spazi all’interno della cinta fortificata rinascimentale della città.